حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در نامه‌ای به آقای روحانی رئیس‌جمهور و رئیس شورای‌عالی امنیت ملی، با اشاره به بررسی های دقیق و مسئولانه برجام در مجلس شورای اسلامی و شورای‌عالی امنیت ملی و عبور این موافقتنامه از مجاری قانونی، دستورات مهمی را در خصوص رعایت و حفظ منافع ملی و مصالح عالیه کشور صادر و با برشمردن تأکیدات و الزامات 9 گانه در اجرای برجام، مصوبه جلسه 634 مورخ 19/5/94 شورای عالی امنیت ملی را با رعایت این موارد و الزامات تأیید کردند.

 متن نامه رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحيم

جناب آقاي روحاني

رئيس جمهور اسلامي ايران و رئيس شوراي عالي امنيت ملي دامت توفيقاته

با سلام و تحيت،

اكنون كه موافقت نامه‌ي موسوم به برجام پس از بررسي‌هاي دقيق و مسئولانه در مجلس شوراي اسلامي؛ كميسيون ويژه و ديگر كميسيون‌ها و نيز در شوراي عالي امنيت ملي سرانجام از مجاري قانوني عبور كرده و در انتظار اعلام نظر اينجانب است، لازم مي‌دانم نكاتي را يادآور شوم تا جنابعالي و ديگر دست‌اندركاران مستقيم و غيرمستقيم آن، فرصت‌هاي كافي براي رعايت و حفظ منافع ملي و مصالح عاليه‌ي كشور در اختيار داشته باشيد.

خبرگزاری میزان-گروه سیاسی: رهبر معظم انقلاب در دیدار فرماندهان نیروی انتظامی جمهوری اسلامی در تاریخ 6 اردیبهشت 94 بیان کردند:


« یک مسئله‌ی مهم این است که امنیت اجتماعی و امنیت فردی که میگوییم، صرفاً این نیست که شما از خانه که بیرون می‌آیید تا اداره یا دکّان و محلّ کسب یا مدرسه، فرض کنید کسی در خیابان به شما چاقو نزند.
خب بله، این یکی از شُعب امنیت است که تعرّض جسمی به انسان نشود - بلاشک این هست - امّا در کنار این، امنیتهای رقیق‌تر از لحاظ رؤیت و مشاهده امّا گاهی بمراتب خطرناک‌تر وجود دارد.
فرض کنید ناامنی‌ای که ناشی است از ترویج موادّ مخدّر؛ اگر چنانچه محیط گردشگاه ما، محیط بوستان ما، محیط خیابان ما، محیط مدرسه‌ی ما جوری باشد که آن کسی که وارد آنجا میشود - بخصوص جوانها؛ عمدتاً جوانها - در مقابل ترویج موادّ مخدّر ایمنی نداشته باشند، این ناامنی ناامنی خیلی خطرناکی است. اگر فرض بفرمایید جوانهای ما در مقابل کشاندن به سمت فحشا و منکرات، ایمنی نداشته باشند، این ناامنی بزرگی است.

شما لابد اطّلاع دارید، ما هم گزارشهایی داریم که افرادی با خرج پول و با الهام از مراکز دستوردهنده، سعی‌شان این است که جوانهای ما را در محافل شبانه در جاهای گوناگون به سمت فحشا و به سمت منکرات بکشانند! این غیر از این است که حالا یک جوانی یک حرکت غلط غیر شرعی انجام میدهد؛ نه، این کشاندن جوانها به سمت منکرات ناامنی است؛ شما باید نگذارید؛ باید مانع بشوید.

 اینکه مثلاً فرض بفرمایید خیابان ما از لحاظ ایجاد حوادث گوناگون جسمانی ایمن باشد امّا جوان ما ایمن نباشد که او را با وسوسه‌ها از داخل مدرسه، از داخل دانشگاه، از داخل پارک، از داخل فروشگاه، از داخل رفاقتهای خیابانی بکشانند به یک محفل شبانه‌ای و او را با فحشا و منکرات و مانند اینها آشنا کنند یا غرق در این چیزها بکنند؛ یا تجاوزهای ناموسی؛ اینها چیزهایی است که جزو مسائل مهمّ امنیت است. یعنی اگر ما امنیتی داشته باشیم که این چیزها در آن ملاحظه نشود، این در واقع امنیت نیست. بالاخره موادّ مخدّر، دزدی ناموسی، کشاندن به فحشا و مانند اینها مسائل بسیار مهمّی است.

یک مسئله هم این است که من شنیده‌ام که گاهی اوقات در بعضی از خیابانها این جوانهایی که مست ثروتند - مست غرور ثروت - سوار ماشینهای آن‌چنانی میشوند و در خیابان بنا میکنند به جَوَلان دادن و رفت‌وآمد کردن و محیط خیابان را ناامن [کردن‌]؛ اینها هم ناامنی است. بایستی در قبال هر نوع ناامنی برنامه داشت و حرکت کرد و کار کرد. اینها چیزهایی است که جوانب گوناگون امنیت است.»

سعدالله زارعی در یادداشت روز کیهان نوشت:

همکاری راهبردی ایران و روسیه در پرونده «مقابله با تروریزم»، غرب و رژیم‌ها و نیروهای وابسته به آن را بشدت نگران کرد و به موضعگیری شدید وادار نمود اما سوال اساسی این است که چه چیزی از این «همکاری مشترک» باعث عصبانیت و نگرانی آنان شده است؛ اصل مبارزه با تروریزم حداقل در صورت قضیه با غرب و اصول اعلامی آن منافات ندارد بنابراین قاعدتا مبارزه با تروریزم نباید سبب نگرانی غرب شده باشد کما اینکه ورود ایران به این مبارزه در جریان آزادسازی 4 استان عراق از سیطره داعش باعث نگرانی غرب نشد. آنان حتی در شکل ظاهر، نقش ایران را در مبارزه با تروریزم داعش ستودند و یکی از مقامات آمریکایی گفت؛ «ظرفیت ایران برای رهبری مهار داعش بالاست و هیچ کشور دیگری در منطقه قادر به ایفای این نقش نیست.» نگرانی آمریکا، اروپا و رژیم‌های وابسته منطقه از همکاری ایران و روسیه در پرونده امنیتی سوریه به تلاش دو کشور برای تثبیت دولت اسد هم برنمی‌گردد. اگرچه غرب و رژیم‌های وابسته به آن از ادامه حضور بشاراسد در قدرت ناخرسندند و برای حذف او همه تلاش خود را کرده و راههای قانونی و غیرقانونی را طی نموده‌اند اما همکاری ایران و روسیه در امور مربوط به دولت سوریه تازگی ندارد تا موجب نگرانی جدید باشد.

گروه بین‌الملل مشرق- گراهام فولر تحلیگر سابق سازمان سیا در گزارشی می نویسد: تلاش در راستای ارائه تصویری ایده آل از جوامع خود و رواج آن در میان سایر کشورها به نحوی که آنان را تحت تاثیر قرار دهد، شیوه ای است که تمامی کشورها آن را به کار می گیرند. دولت آمریکا از جمله کشورهایی است که وقت و هزینه هنگفتی را صرف می کند تا تصویر مطلوبی از خود ارائه نماید و در کنار این موضوع سعی بر آن دارد که سایر نقاط جهان را بر مبنای جهان بینی آمریکایی به سایرین معرفی کند و در صورت امکان آرمان های هر کشور را برای مردم آن کشور بی ارزش نماید.

حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در دیدار فرماندهان و کارکنان نیروی دریایی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جمعی از خانواده های آنان و همچنین خانواده های شهدای این نیرو، با اشاره به نقش جوانان انقلابی نیروی دریایی سپاه و جوانان شجاع جنوب در تأمین امنیت دریا و ایجاد رعب در دشمن، تاکید کردند: دشمنان به دنبال تغییر محاسبات مسئولان و تغییر افکار مردم بویژه جوانان هستند و همه باید هوشیار و بیدار باشند.

به گزارش پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، حضرت آیت الله خامنه ای در این دیدار با اشاره به اهمیت موضوع امنیت دریا گفتند: آمادگی ها باید همواره بگونه ای باشد که براساس دستور قرآنی، در دشمن ایجاد رعب کند و جرأت تجاوز را از او بگیرد زیرا اگر خاکریزها قابل نفوذ باشند، دشمن نفوذ خواهد کرد.

 ایشان خاطر نشان کردند: اکنون به برکت تشکیل جبهه انقلابی در جنوب کشور که متشکل از نیروی دریایی سپاه و جوانان شجاع جنوب است، دستور قرآنی ایجاد رعب در دشمن، محقق شده است.

فرمانده کل قوا با تأکید بر اینکه ما هیچگاه شروع کننده جنگ نخواهیم بود، افزودند: اما طبیعت دشمن همواره خوی تجاوز و نفوذ است، بنابراین باید توانایی های علمی و تجهیزاتی در قالب نوآوریها، روز به روز افزایش یابند.

د‌‌‌رباره حاد‌‌‌ثه منا اززوایای مختلف می‌توان بحث کرد‌‌‌. اما رفته رفته ماجرای غضنفررکن‌آباد‌‌‌ی (سفیر سابق ایران د‌‌‌ر لبنان) پیچید‌‌‌ه‌تر می‌شود‌‌‌.

ماجرای مفقود‌‌‌ شد‌‌‌ن او از د‌‌‌رجه اهمیت بسیار زیاد‌‌‌ی برخورد‌‌‌ار است. او و تنی چند‌‌‌ از اعضای سپاه، نه د‌‌‌ر میان کشته شد‌‌‌گان هستند‌‌‌ و نه د‌‌‌ر میان مجروحان. حتی با بازگشت تعد‌‌‌اد‌‌‌ی از حجاج، مجروحان و کشته‌شد‌‌‌گان باز هم اسم آن‌ها د‌‌‌ر لیست نیست. این مسئله گمانه‌زنی‌ها د‌‌‌رباره د‌‌‌خالت‌ نیروهای امنیتی عربستان و اسرائیل، د‌‌‌ر این واقعه را افزایش می‌د‌‌‌هد‌‌‌. هر فرد‌‌‌ی که اند‌‌‌ک توجهی به سیاست د‌‌‌اشته باشد‌‌‌، می‌د‌‌‌اند‌‌‌ که سفارت ایران د‌‌‌ر لبنان برای چند‌‌‌ کشور د‌‌‌ارای اهمیت بسزایی است.

 اسرائیل، آمریکا و عربستان کشورهایی هستند‌‌‌ که چشم‌شان به این سفارتخانه است. این علاوه بر تروریست‌هایی است که لااقل د‌‌‌ر چند‌‌‌ سال اخیر تلاش کرد‌‌‌ند‌‌‌ تا این سفارتخانه را مورد‌‌‌ هد‌‌‌ف قرار د‌‌‌هند‌‌‌ و رکن‌آباد‌‌‌ی د‌‌‌ر آخرین اقد‌‌‌ام تروریستی و د‌‌‌رحالی که رایزن فرهنگی ایران به شهاد‌‌‌ت رسید‌‌‌، نجات یافت.
 
 د‌‌‌روغ اینکه رکن‌آباد‌‌‌ی با گذرنامه‌ای د‌‌‌یگر به عربستان رفته بود‌‌‌ ماجرا را پیچید‌‌‌ه‌تر کرد‌‌‌. معاون وزارت ارشاد‌‌‌ د‌‌‌رباره رکن‌آباد‌‌‌ی گفته بود‌‌‌: «د‌‌‌رواقع باید‌‌‌ توجه کرد‌‌‌ که ایشان تاکنون خوشبختانه جزو جان‌باختگان نبود‌‌‌ه و البته جزو مجروحان حاد‌‌‌ثه هم نیست، بنابراین با فرض بر اینکه آنهایی که تاکنون وضعیت‌شان مشخص نشد‌‌‌ه اکثرا جان‌باخته هستند‌‌‌، ایشان نیز یا جزو جان‌باخته‌های حاد‌‌‌ثه است و یا د‌‌‌ر اختیار نیروهای امنیتی سعود‌‌‌ی قرار د‌‌‌ارد‌‌‌.» (چهارشنبه ۸ مهر، خبرگزاری مهر)  
 
با گذشت چند‌‌‌ روز از این اظهارنظر و بازگشت حجاج و برخی از اجساد‌‌‌، امیرعبد‌‌‌اللهیان بارد‌‌‌یگربرمفقود‌‌‌ بود‌‌‌ن رکن‌آباد‌‌‌ی تاکید‌‌‌ و از پیگیری شد‌‌‌ید‌‌‌ ایران برای مشخص شد‌‌‌ن سرنوشت آن‌ها خبر د‌‌‌اد‌‌‌. (ایسنا، ۱۴ مهر)  
 
ایران د‌‌‌ر د‌‌‌و روز اول تلاش کرد‌‌‌ تا موضوع گم شد‌‌‌ن رکن‌آباد‌‌‌ی رارسانه‌ای نکند‌‌‌. این کار د‌‌‌رستی بود‌‌‌، اما چرا؟ اگر د‌‌‌ر روزهای اول ماجرای گم شد‌‌‌ن او رسانه‌ای می‌شد‌‌‌، د‌‌‌ر صورت زند‌‌‌ه بود‌‌‌ن (که احتمالش وجود‌‌‌ د‌‌‌ارد‌‌‌) به سرعت توسط سرویس اطلاعاتی عربستان و اسرائیل ربود‌‌‌ه می‌شد‌‌‌. ایران با مخفی کرد‌‌‌ن این موضوع تلاش کرد‌‌‌ ابتد‌‌‌ا از طریق خود‌‌‌ ایرانی‌ها او را پید‌‌‌ا کند‌‌‌. اما بعد‌‌‌ به ناچار ماجرا را رسانه‌ای کرد‌‌‌. و این نیز کار د‌‌‌رستی بود‌‌‌. چراکه ممکن است تحت فشارهای د‌‌‌یپلماتیک او را پید‌‌‌ا کرد‌‌‌. (ان‌شاءا... زند‌‌‌ه)  
 
باید‌‌‌ توجه کرد‌‌‌ که بخش اعظمی از ارتباطات ما با گروه‌هایی همچون حز‌ب‌ا...، حماس و انصار‌ا... از سفارت ایران د‌‌‌ر لبنان اد‌‌‌اره می‌شود‌‌‌. از همین روست که می‌توان اهمیت رکن‌آباد‌‌‌ی را برای سرویس‌های اطلاعاتی عربستان و اسرائیل د‌‌‌رک کرد‌‌‌. 

برخی صحبت از خرابکاری می کنند، مخصوصا اینکه جرثقیل متعلق به شرکت پیمانکار «بن لادن» بوده و در سالروز وقوع حادثه 11 سپتامبر در مسجدالحرام سقوط کرد. برخی حتی مدعی‌اند کشتار بعضی از زائران در آن روز تصادفی و سهوی نبوده و احتمال سوءقصد را می‌دهند.
 
پس از بازدید پادشاه عربستان از کانون حادثه، کمیته بررسی تشکیل شد و نتایج اولیه بررسی‌ها، احتمال هرگونه خرابکاری را رد می‌کند،‌ با این حال پیمانکار طرح توسعه مسجدالحرام را که همان شرکت «بن‌لادن» است به خاطر سهل‌انگاری مقصر اعلام میکند
 
در این میان برخی مقامات ایرانی، عربستان را به خاطر ناتوانی در تامین امنیت زائران بی‌کفایت اعلام کرده اند که شواهد مُهر تاییدی بر این اظهارات هستند. گرچه رسما اشاره‌ای درباره‌ی خرابکاری نمی‌شود، اما پس از انتقال اجساد برخی این احتمال را مطرح کرده‌اند.